コクサッキーウイルスは、ピコルナウイルス科のエンテロウイルス属に属し、そのゲノムは一本鎖RNAです。 マウスに対するウイルスの病原性に応じて、AとBの2つのグループに分けられます。グループAには23の血清型が、グループBには6の血清型が含まれています。