肝臓が硫酸またはグルクロン酸と結合した後、またはインドールが壊れて分解された後、5-HTの約3分の2が排出されます。風景の約3分の1は、モノアミンオキシダーゼの作用により排出され、アンモニアを脱酸素して5-HIAAを形成します。 5-HIAAは5-ヒドロキシトリプトファン代謝の最終産物であり、生物活性はありません。