아포지 단백질 C는 저밀도 지단백질 콜레스테롤의 주요 아포지 단백질이며, 고밀도 지단백질 콜레스테롤과 저밀도 지단백질 콜레스테롤에도 존재하며, ApoCⅠ, ApoCⅡ, ApoCⅢ, CM, VLDL, HDL의 소량의 구조 단백질이다.