กล้องจุลทรรศน์ของเสมหะใช้ในการสังเกตเซลล์เม็ดเลือดขาวเซลล์เม็ดเลือดแดงเซลล์เยื่อบุผิวและเซลล์ฝุ่นละอองในเสมหะเช่นเดียวกับชั้นล่างของเส้นใยคริสตัลไขมันและปรสิตซึ่งเป็นประโยชน์ในการวินิจฉัยโรคบางลักษณะของระบบทางเดินหายใจ