ในกระบวนการเมแทบอลิซึมของกรดอะมิโนในเนื้อเยื่อสมองแอมโมเนียอิสระที่ผลิตโดยการปนเปื้อนสามารถสังเคราะห์ได้โดยกลูตามีน synthetase เพื่อกำจัดพิษของแอมโมเนียในระบบประสาทส่วนกลาง แอมโมเนียในน้ำไขสันหลังจะมีประมาณหนึ่งในสามของปริมาณเลือดแดง