ซีสต์ต่อมน้ำตาเป็นของหายากและมักพบหลังการอักเสบหรือการบาดเจ็บสาเหตุคือการอักเสบเรื้อรังที่มีผลต่อเส้นประสาทกล้ามเนื้อของท่อต่อมน้ำตาที่ช่วยลดแรงบีบตัวของต่อมน้ำตาต่อมน้ำตาการแทรกซึมอักเสบรอบท่อต่อม การหลั่งที่เพิ่มขึ้นทำให้เกิดการขยายตัวของต่อมท่อในรูปแบบซีสต์