หลอดอาหารสั้นหมายถึงความยาวของหลอดอาหารสั้นกว่าปกติเนื่องจากหลอดอาหารสั้นเป็นส่วนหนึ่งของร่างกายในกระเพาะอาหารแทนการขาดแคลนหลอดอาหารซึ่งตั้งอยู่บนไดอะแฟรมและกลายเป็นช่องทรวงอก สาเหตุคือพิการ แต่กำเนิดและรองและหลอดอาหารสั้นพิการ แต่กำเนิดเป็นความผิดปกติที่ค่อนข้างหายาก