ฝีในสมองหมายถึงโรคไข้สมองอักเสบจากหนอง, granuloma เรื้อรังและการก่อตัวของฝีในสมองที่เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย pyogenic ส่วนเล็ก ๆ ยังสามารถเกิดจากเชื้อราและโปรโตซัวบุกรุกเนื้อเยื่อสมอง