อาการย้อยของเยื่อบุกระเพาะอาหารมีสาเหตุมาจากเยื่อบุกระเพาะอาหารที่ผิดปกติซึ่งยื่นออกมาในหลอดอาหารย้อนหลังหรือผ่านท่อ pyloric เข้าไปในหลอดลำไส้เล็กส่วนต้น