มีความผิดปกติ แต่กำเนิดของอวัยวะเพศชายจำนวนมากความผิดปกติ แต่กำเนิดบางอย่างมีผลกระทบต่อความอุดมสมบูรณ์เช่นการขาดง่ายของ vas deferens และบางอย่างอาจส่งผลต่อการทำงานทางเพศ ความผิดปกติบางอย่างไม่ได้ดูจริงจังเช่น phimosis แต่การจัดการที่ไม่เหมาะสมอาจมีผลกระทบร้ายแรงเช่นกัน