ความผิดปกติของระบบทางเดินปัสสาวะเช่นการอุดตันทางเดินปัสสาวะหรือการไหลย้อนของกระเพาะปัสสาวะท่อไตอาจทำให้เกิดเยื่อหุ้มสมองฝีในไขกระดูก ฝีในเยื่อหุ้มสมองมักจะเกิดจากเชื้อ Staphylococcus aureus ในทางตรงกันข้ามฝีในไขกระดูกของไตมักเกิดจากเชื้อ E. coli, Klebsiella หรือ Proteus