การตรวจทางจุลชีววิทยาของเยื่อหุ้มปอดไหลเป็นวิธีการตรวจสอบแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคทั่วไปเช่น Staphylococcus, Streptococcus, Escherichia coli, Bacteroides เปราะบางและ Pseudomonas aeruginosa สำหรับผู้ป่วยที่มีอาการหน้าอกติดเชื้อ