กล้องจุลทรรศน์ผิวหนังเชื้อราเป็นวิธีการใช้กล้องจุลทรรศน์โดยตรงเพื่อค้นหาเชื้อและสปอร์สำหรับการวินิจฉัยเบื้องต้น วิธีการเพาะปลูกกำหนดชนิดตามลักษณะของอาณานิคมและโครงสร้างภายใต้กล้องจุลทรรศน์