การตรวจสอบทางแบคทีเรียเป็นการตรวจสอบเป้าหมายของแบคทีเรียในเลือดหรือเนื้อเยื่อ เช่นการตรวจทางแบคทีเรียของเสมหะและสารคัดหลั่งทางเดินหายใจส่วนล่าง, การตรวจแบคทีเรียในเลือดและไขกระดูก, การตรวจแบคทีเรียในตัวอย่างปัสสาวะเป็นต้น