การย้อมสีเนื้อเยื่อด้วยสีย้อมบางชนิดสามารถทำให้มองเห็นแผลได้มากขึ้น สำหรับการวินิจฉัยโรคมะเร็งกระเพาะอาหารมักใช้การย้อมสีเมธิลีนบลู มันสามารถแสดงรอยโรคขนาดเล็กและขอบเขตของรอยโรคทำให้การตัดชิ้นเนื้อมีความแม่นยำมากขึ้นและช่วยในการผ่าตัดการผ่าตัด