การเจาะหลอดอาหารที่เกิดจากสิ่งแปลกปลอมในหลอดอาหารอาจมีภาวะแทรกซ้อนที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับลักษณะของสิ่งแปลกปลอมและอายุและยังสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อเอาสิ่งแปลกปลอมออกจากร่างกาย