Apolipoprotein C เป็น apolipoprotein หลักของคอเลสเตอรอลไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมากนอกจากนี้ยังมีอยู่ในไลโปโปรตีนความหนาแน่นสูงและไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำคอเลสเตอรอลมีสาม apolipoprotein C คือApoCⅡ, ApoCⅡ, ApoCⅡ, ApoCⅢเป็นโปรตีนโครงสร้างจำนวนเล็กน้อยของ CM, VLDL และ HDL